白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。
白浅（刘亦菲 饰）失去了上一世的记忆，盘踞在青丘山内，过着与世无争自由自在的生活。在东海盛宴上，白浅遇见了带着天孙阿离（彭子苏 饰）的天族太子夜华（杨洋 饰），实际上，两人之间早就定下了婚约。夜华震惊于白浅拥有的和他死去的妻子素素一模一样的外表，于是开始接近白浅，在此过程中被白浅善良开朗的性格渐渐吸引。 实际上，白浅一直忘不了的是当年为了拯救众生而牺牲了自己的天族战神墨渊（杨洋 饰），他的仙体一直被保存在炎华洞内。夜华的侧妃素锦（李纯 饰）十分嫉妒白浅能够得到夜华的喜爱，于是勾结鬼族王后玄女（顾璇 饰）偷走了墨渊的仙体，得知此消息，白浅失去了理智。
