小智在旅行途中遇到的少年，遥人。他身上有某个秘密？小智和母亲花子约定好在隔壁镇上见面，然而在他睁开眼睛的时候却发现，皮卡丘不见了？！此时遥人出现在正在寻找皮卡丘的小智面前。小智跟着遥人前往寻找夺走皮卡丘的那群可疑人物。关系逐渐变好的两人……将面临冲击性的事实！！遥人遇到的抓走皮卡丘的穿着奇怪服装的可疑人物，果然是火箭队呢！有种预感，感觉还会有其他事情会发生……
近未来，城市里出现硕大的怪兽，肆无忌惮蚕食城区。旧城区被高耸坚固的围墙隔离开来，人类不断开发新式武器对付怪兽，一头又一头，随着时间的流逝，新城区的居民们似乎已经习惯了这种与怪兽共存的生活，电视里有一搭无一搭转播着屠杀怪兽的最新进展，寻常百姓则经营着各自的人生。黄昏斜阳，一个平凡少年四处搜集食物，来到了铁路桥下一辆早已废弃的公交车内。这里藏着他最大的秘密，一头尚且幼小的怪兽。面前这个小家伙分外鲁莽凶猛，贪婪地享受着少年的食物。可是，秘密终有破败的一天……
南宋末年，小白为救许仙水漫金山，终被法海压在雷峰塔下。小青则意外被法海打入诡异的修罗城幻境。几次危机中小青被神秘蒙面少年所救，小青带着出去救出小白的执念历经劫难与成长，同蒙面少年一起寻找离开的办法。
