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这天，道歌教练安排了一个任务给水下摩托艇石头两只受训潜水艇——贝贝和与阿力，那就是先将海参们放回珊瑚堆，然后找到一个合适的箱子，去将飞机苏茜运来的鳗鱼运回培训基地。三个小伙伴一开始为了争夺负责人，几乎搞砸了所有事。后来他们认识到自己错了，于是齐心协力终于完成了任务。潜水艇贝贝和阿力这天毕业了，毕业之际，他们回想起自己接受潜艇训练的点点滴滴：为救教练潜到20米、与油妈交换工作……这当中不仅使他们懂得了做事的道理，还令他们收获了可贵的友情。
世界各地接连出现神秘海怪毁坏商船事件，引发恐慌，传言海洋面临灾难。潜艇阿力决定集结伙伴追踪“海怪”，却发现“海怪”是一艘以“环保”为借口来开展邪恶计划的科技潜艇。为了解开这些谜团，阿力和朋友们利用所学知识，开始了海底两万里的漫游探险。
在海豹镇长和企鹅教授的宣传带领下，海底社会认同了“外星人有害论”的观点。小潜艇阿力偶然遇到来地球游玩却和父母走散的小外星人Wugu，通过了解，阿力发现外星人不但不危险，还很友好。为了帮助Wugu找到父母，阿力和朋友贝贝踏上了冒险的旅程……
小潜艇阿力前往海底深处执行任务，遭遇史无前例的意外事件。小鲨鱼梅莎拒绝成为爸爸独眼鲨那样鱼见鱼怕的海底霸王，内心幻想成为小潜艇阿力一样的海底英雄。她无意之中得到的神秘宝盒，却把爸爸独眼鲨变回了童年的模样。当宝盒离奇失踪后，海底游乐场惊现神秘大怪物……为探寻谜底拯救海底世界，小潜艇带着超萌小动物们一起踏上了神奇的寻宝冒险之旅。
