将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织FootClan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
近未来，城市里出现硕大的怪兽，肆无忌惮蚕食城区。旧城区被高耸坚固的围墙隔离开来，人类不断开发新式武器对付怪兽，一头又一头，随着时间的流逝，新城区的居民们似乎已经习惯了这种与怪兽共存的生活，电视里有一搭无一搭转播着屠杀怪兽的最新进展，寻常百姓则经营着各自的人生。黄昏斜阳，一个平凡少年四处搜集食物，来到了铁路桥下一辆早已废弃的公交车内。这里藏着他最大的秘密，一头尚且幼小的怪兽。面前这个小家伙分外鲁莽凶猛，贪婪地享受着少年的食物。可是，秘密终有破败的一天……
南宋末年，小白为救许仙水漫金山，终被法海压在雷峰塔下。小青则意外被法海打入诡异的修罗城幻境。几次危机中小青被神秘蒙面少年所救，小青带着出去救出小白的执念历经劫难与成长，同蒙面少年一起寻找离开的办法。
