电影《保持沉默》讲述了著名歌星万文芳在密闭的化妆间遇刺，当时在场的只有吉米托马斯（孙睿饰）一个人。端木兰律师（周迅饰）作为吉米的辩护律师，准备为他做无罪辩护，因而在法庭上与该案的检控官吴正为（吴镇宇饰），展开了激烈的争辩，真相在一层层地被揭开。此时又有知情人称，嫌疑人吉米托马斯正是万文芳曾经遗弃的私生子，这个爆料也让案件的性质变成了“弑母”大案。随着本案的关键证人，万文芳的制作人田景程（祖峰饰）的介入，真相愈加扑朔迷离。
抗日战争期间，国民党某连长董予铭奉命押送一批抗日军火到南京，军火安全抵达目的地，董予铭被上司授予了一枚“青天白日”勋章。然而当他得知历经艰辛运送的并非军火而是走私品时，为了证实自己的清白，他开始了调查。真相大白之际，董予铭面临着一场命运的决择……
文革中，少女小菊一家遭人迫害，小菊本人被吊死在自家，凶手将现场伪装成自杀……一晃十几年过去，一部电影正在紧张的拍摄，录音师霍峰（陈希光饰）对现场效果不甚满意，带女主角于红（潘婕饰）回住处做音效。霍峰所住的旧楼面临拆迁，大多数住户早已搬离，只留下老领导老林、无业青年由飞以及霍峰三家。于红在楼内看到异样幻象，霍峰的录音设备也采样到诡异的响动。二人调查这栋楼的历史，获悉小菊的冤案，始明白小菊那地下室的冤魂在人去楼空之时向当年的凶手索命。老林与由飞身上先后发生意外，于红发现导演郑磊（韩小磊饰）亦与当年的凶案有关，并最终决定帮助小菊复仇。
