曾健乃香港贩毒头子，因被小红，及Ida所率领的警队追捕而仓忙潜逃至泰国，留下情妇Carry在香港。数年后曾健以泰国华侨沙华的身份返港，而Carry已下嫁警司金志远，曾知悉后非常愤怒，故设赌局欺骗志远，令志远欠下巨债，被迫替曾卖命，与此同时Ida四出调查曾健，令曾的交易受阻，曾设计杀死志远及嫁祸Ida。
故事发生于位于西雅图的霹雳小组训练中心内，艾伦（阿德琳妮·帕里奇AdriannePalicki饰）、沃德（泰·奥尔森TyOlsson饰）和霍尔（山姆·贾格SamJaeger饰）是其中的骨干成员。一天，小组接到线报，说在一家废弃的货运中心里正在进行毒品交易，小组随即展开了行动，果然将交易场面撞了个正着。激烈的枪战平息后，组员们在集装箱内发现了一名被绑住的男子，男子名叫蝎子（迈克尔·加·怀特MichaelJaiWhite饰），他的胳膊上植入了一枚芯片，芯片里记载了帮派所有的犯罪证据。蝎子成为了霹雳小组最重要的证人，黑帮当然也不会对此坐视不管，他们派出了各路杀手对训练中心进行了猛烈袭击。
结婚生子后的冬冬（梅艳芳饰）过着相夫教子的的日子，但世界并不太平。经历过核爆炸后，世界面临水荒，但却有一家神秘的净水公司控制着纯净水并从中谋取暴利，甚至遏制了整个社会的命脉。此时，一位名叫长空（金城武饰）的人被推到台前，成为其背后势力反政府的领袖。然而，不久长空被杀，杀手将此罪责嫁祸给冬冬的老公（刘松仁饰），他也是当时的公安局长。局长因此被杀，冬冬也被捕，军长趁机发动了政变。陈三（杨紫琼饰）救出总统，同时陈七（张曼玉饰）受冬冬之托带着冬冬的女儿去寻找干净的水源，冬冬也终于重拾信念做回女飞侠。这突如其来的灾难背后有着怎样的阴谋？三位女飞侠能否再次给这黑暗世界到来一丝曙光？
木生、静兰、四眼等一行人因一次意外的动乱聚集到蛇王谷，唯有蛇王谷深处的蛇腥花能阻止一切悲剧的发生，在蛇王谷中，一行人从陌生到扶持，最终领悟了”万物共生“的真谛。
